مساحت مدرسه خیرات خان حدود 1500 متر مربع می باشد و در اطراف حیاط مرکزی این مدرسه، دو طبقه ساخته شده است. این مدرسه، دارای 79 حجره است و در دو سمت ورودی مدرسه، دو ایوان در دو ضلع شمال و جنوب آن قرارگرفته و در اصلی مدرسه در ایوان جنوبی واقع شده است. در اطراف مدرسه خیرات خان در گذشته 16 مغازه و 6 اتاق وجود داشته که از موقوفات این مدرسه محسوب می شد.
ساختمان مدرسه به شکل چهارضلعی است که در چهار ضلع مدرسه حجره هایی در طبقات دیده می شود و نمای صحن مدرسه با سنگ پوشیده شده، وسط صحن آب نمایی قرار گرفته است.این مدرسه با چهار باغچه مشجر نیز آراسته شده است. نمای ساختمان، آجری است. در سرایوان های این مدرسه تزیینات کاشی کاری و پنجره های مشبک چوبی زیبا، خودنمایی می کند. در کتابخانه این مدرسه تعدادی کتاب با نسخه های خطی نفیس و ارزشمند قرار گرفته است.
آیت الله خامنه ای در این باره می فرمایند:
تاریخ تاسیس کتابخانه خیرات خان در حال حاضر مشخص نیست، ولى تعدادی از کتابها در تاریخ 1277 هجری قمری وقف شده است. نصرت الملک على مردان خان تیمورى در سال 1303 هجری قمری، 200 جلد کتاب چاپى و خطى به این کتابخانه وقف کرده است.
از مدرسان این مدرسه ادیب نیشابوری دوم، یزدی و تائب را می توان نام برد. این مدرسه نیز، همانند مدارس دیگر با توسعه حرم مطهر امام رضا(ع) باعث تغییرات و تخریب در فضای مدرسه شده است. از این جهت بعد از پیروزی انقلاب، ساختمان مدرسه به کلی تغییر کرد و مدرسه ای با طراحی هنری، سنتی و مهندسی مدرن ایجاد شد. مدرسه خیرات خان، هم اکنون محل تحصیل دانشجویان و طلاب دانشگاه علوم اسلامی رضوی است.
درحال حاضر، مدرسه خیرات خان در زاویه شمال شرقی بارگاه امام رضا(ع)، در نزدیکی مهمانسرای حضرت و مقابل صحن جدید قرار گرفته است.
