این کلیسا توسط تاجری مسیحی به نام خواجه پطروس در دوران سلطنت شاه عباس کبیر ساخته شد. تصویر این شخص بر روی دیوار کلیسا بیت الحم کشیده شده و آرامگاه وی نیز در ایوان مقابل درب غربی کلیسا وجود دارد. دیوارها و پی این بنا بسیار قطور بوده و در برخی نقاط به چندین متر می رسد.
در معماری و تزئینات کلیسای بیت الحم اصفهان نقاشی هایی از زندگانی حضرت مسیح و هم چنین طلاکاری های زیبا وجود دارد. در حیاط این بنا دو تالار تدفین مشاهده می شود که در آن هفتاد سنگ قبر از بزرگان ارامنه قرار دارد. ساختمان کلیسای بیت اللحم دارای پلانی مستطیل شکل در دوطبقه و ساخته شده از آجر می باشد.
گنبد کلیسا که به صورت دو پوسته ساخته شده، با طلاکاری و کتیبه هایی تزئین گشته است. هشت پنجره در ساق گنبد رویت می شود که طاق نماهایی نقاشی شده از چهره دوازده حواری مسیح(ع)، رستاخیز مسیح و غیره وجود دارد. گنبد کلیسای بیت الحم بروی چهار ستون مرتفع بنا شده است .
در محراب گنبد دوازده تصویر زیبا که از جمله ی آنها میتوان به تصویر بهشت اشاره کرد، قرار دارد. در سمت چپ این نقاشی، تصویری از خواجه پطرس دیده می شود. همچنین ناقوس کلیسا بیت الحم در ضلع غربی گنبد واقع شده است. در بخش هایی از کلیسا همچون سرود خوان و اطراف گنبد و بخش بالایی محراب کتیبه هایی با خط ارمنی طلایی مشاهده میشود. در بخش سرود خوان کلیسا تابلوهایی از تولد مسیح و غسل تعمید ایشان دیده میشود. همچنین در بخش عوام نیز تابلوهای زیادی وجود دارد.
کلیسا بیت الحم اصفهان دارای سن مربوط به گروه کر یا همان سرودخوان می باشد که این نکته قابل توجهی می باشد. نقاشی های این کلیسا مربوط به تلاش شخص خواجه اوتیک است. نکته حائز اهمیت در نقاشی های کلیسای بیت الحم این است که از ظرافت هنری خاصی نسبت به کلیسای وانک برخوردار است.
در گذشته در اطراف این کلیسا چهار حیاط بوده که اکنون فقط بخش شرقی آن بجا مانده وسایر حیاط ها تخریب و تبدیل به خیابان نظر فعلی گردیده است.
منبع : نشاط آوران
